Piotr Kanizjusz urodził się 8 maja 1521 r. w Nijmegen (Holandia) jako syn Jakuba Kanijs, który pełnił w tym mieście urząd burmistrza. Młody Piotr już w dzieciństwie zdradzał oznaki swojego powołania, gdyż lubił służyć podczas nabożeństw liturgicznych i "odprawiać msze" - jak mawiał. Ojciec chciał skierować go na studia prawnicze, ale Piotr udał się do Kolonii na wydział teologii. Tutaj spędził 10 lat (1536-1546) z wyjątkiem jednego roku, kiedy to zatrzymał się na uniwersytecie w Lowanium (1539-1540). Już w czasie studiów nastawiał się Kanizy na apologetykę. Dlatego też ze szczególną pilnością studiował prawdy atakowane przez protestantów. W roku 1540 zdobył tytuł magistra nauk wyzwolonych.
W 1543 r. wstąpił do jezuitów, których św. Ignacy Loyola założył zaledwie przed 9 laty, w 1534 r. Piotr szybko zaczął cieszyć się tak wielkim autorytetem, że nie będąc jeszcze kapłanem, trzykrotnie został wysłany do cesarza Karola V, wówczas władcy Hiszpanii, Niemiec i Niderlandów (Holandii i Belgii), aby ten usunął arcybiskupa Kolonii, elektora Hermana, jawnie sprzyjającego protestantyzmowi. W roku 1546 Piotr przyjął święcenia kapłańskie. Jako znakomity teolog został wezwany przez biskupa Augsburga, kardynała Ottona Truchsess, by mu towarzyszył na soborze w Trydencie w charakterze teologa-konsultora (1547). Na uniwersytecie w Bolonii uzyskał tytuł doktora teologii. Skierowano go do krajów germańskich, aby powstrzymał napór protestantyzmu.
Przez 30 lat Piotr Kanizjusz niezmordowanie pracował, by zabliźnić rany, zadane Kościołowi przez kapłana-apostatę, Marcina Lutra. Brał czynny udział we wszelkich zjazdach i obradach dotyczących tej sprawy. Prowadził misje dyplomatyczne między cesarzem, panami niemieckimi a papieżem. Ułatwiał nuncjuszom papieskim oraz legatom ich zadania. W wykładach na uniwersytecie w Ingolstadcie wyjaśniał ze szczególną troską zaatakowane prawdy, wykazywał błędy nowej wiary. Był wszędzie, gdzie uważał, że jego obecność jest potrzebna dla Kościoła. Jego misji sprzyjało to, że cesarzem był wówczas Ferdynand I (1566-1569), wychowanek jezuitów, któremu sprawa katolicka leżała bardzo na sercu.
W 1556 roku św. Ignacy mianował Piotra pierwszym prowincjałem nowo utworzonej prowincji niemieckiej, która liczyła wówczas zaledwie 3 domy: w Ingolstadcie, w Wiedniu i w Pradze. Pod rządami Kanizego w latach 1566-1569 powstało 5 kolejnych konwentów: w Monachium, w Innsbrucku, w Dillingen, w Trynau i w Hali (Tyrol). Nadto powstała w północnych Niemczech druga prowincja. W 1558 r. Piotr odbył krótką podróż do Polski (Kraków, Łowicz, Piotrków Trybunalski), towarzysząc nuncjuszowi Kamilowi Mentuati. Cieszył się przyjaźnią kardynała Hozjusza.
Największą wszakże sławę Piotr Kanizy zyskał sobie pismami. Do najcenniejszych należą te, które wyszły z jego praktycznego, apologetycznego nauczania. Są to Katechizm Mały, Katechizm Średni i Katechizm Wielki, przeznaczone dla odbiorców o różnym stopniu przygotowania umysłowego. Katechizmy Piotra w ciągu 150 lat doczekały się ok. 400 wydań drukiem. Nie mniej wielkim wzięciem i popytem cieszyło się potężne dzieło św. Kanizego Summa nauki katolickiej, na którą złożyły się jego wykłady, dyskusje i kazania. Dzieło to stało się podstawą do wykładów teologii na katolickich uniwersytetach i do kazań.
Ostatnie lata życia spędził Piotr Kanizy we Fryburgu Szwajcarskim (1580-1597). Zmarł tam 21 grudnia 1597 roku. Zaraz po jego śmierci Niemcy, Austria i Szwajcaria rozpoczęły starania o jego kanonizację. Jeszcze za jego życia ukazał się jego pierwszy żywot, napisany przez o. Jakuba Kellera. Aktu beatyfikacji dokonał dopiero w 1864 roku papież Pius IX, a do katalogu świętych i doktorów Kościoła wpisał go uroczyście papież Pius XI w 1925 roku. Relikwie św. Piotra Kanizego spoczywają w kościele jezuitów we Fryburgu szwajcarskim.
Zachowały się szczęśliwie dwa portrety św. Piotra, wykonane jeszcze za jego życia. Jest nazywany "apostołem Niemiec". Patronuje diecezji Brixen, czczą go także Innsbruck oraz szkolne organizacje katolickie w Niemczech.

W ikonografii przedstawia się św. Piotra Kanizego w sutannie jezuity. Jego atrybutami są: katechizm, krucyfiks, młotek, pióro.