Franciszek, prawdziwie wierny niewolnik i sługa Chrystusa, na dwa lata przed oddaniem niebu ducha, gdy na wysokim miejscu, zwanym górą Alwernią, samotnie rozpoczął czterdziestodniowy post ku czci świętego Michała Archanioła, został ubogacony bardziej niż zwykle słodyczą nadprzyrodzonej kontemplacji, a rozpalony mocniejszym płomykiem pragnień niebiańskich, odczuł obficiej strumień nadprzyrodzonych darów. Gdy więc seraficznym żarem pragnień wznosił się do Boga i współczującą wrażliwością przemieniał się w Tego, któremu spodobało się w bezgranicznej miłości dać się ukrzyżować, któregoś ranka, około święta Podwyższenia Krzyża Świętego, podczas modlitwy na zboczu góry, zobaczył jakby podobieństwo Serafina mającego sześć skrzydeł jaśniejszych, niż byłyby z ognia. Zstępował on z wysokości niebios; szybkim lotem przybył na to miejsce i zawisł w powietrzu bardzo blisko Bożego męża. Okazało się, że nie tylko ma skrzydła, ale także jest ukrzyżowany.

Widząc to, Franciszek bardzo się zdziwił, a jego duszę przepełniły mieszane uczucia zarówno smutku, jak i radości. Przeżywał ogromną radość z zaszczytu, jakim było ukazanie mu się Chrystusa w tak pięknej i tak bliskiej mu postaci, ale na widok okrutnego przybicia do krzyża jego dusza została przeszyta mieczem współczującego bólu. Po tajemniczej i poufnej rozmowie znikająca wizja rozpaliła jego duszę wewnętrznym żarem serafickim, a na jego ciele wyraziła podobiznę znaków Ukrzyżowanego, jak gdyby była wyciśnięta na nim pieczęć mająca moc płonącego ognia.

Natychmiast bowiem zaczęły pokazywać się na jego rękach i nogach ślady gwoździ, których główki widać było na wewnętrznej stronie rąk i na górnej stóp, zaś ich ostre końce na stronach przeciwnych. Również prawy bok był zraniony, jakby włócznią przebity i często wypływała z niego święta krew; ranę zaś otaczał zabliźniony brzeg.

Tak więc Franciszek, jako nowy człowiek, na skutek nowego i zadziwiającego cudu, został wyróżniony szczególnym przywilejem, dotąd nikomu nie udzielonym, ozdobiony mianowicie świętymi stygmatami; zszedł więc z góry, niosąc z sobą podobiznę Ukrzyżowanego, wykonaną nie sztucznie na tablicach kamiennych czy drewnianych, ale "palcem Boga żywego wyrażoną" na członkach jego ciała.