Jan urodził się w 1579 r. w protestanckiej szkockiej rodzinie szlacheckiej. W wieku 15 lat został wysłany do Europy na naukę, którą rozpoczął we Francji, skąd w 1595 r. przeniósł się do Leuven, a potem do Ratyzbony i Ołomuńca. Zdobyta filozoficzna i teologiczna wiedza spowodowała nawrócenie na katolicyzm. 24 grudnia 1599 r. wstąpił w Brnie do Towarzystwa Jezusowego. Od 1607 r. był wykładowcą w Wiedniu. Święcenia kapłańskie otrzymał w Paryżu w 1610 r. Później został wysłany do Rouen. Dwa lata starał się o to, by wyjechać na misje do rodzinnej Szkocji. Wreszcie przełożony zakonu, Klaudiusz Aquaviva, w listopadzie 1613 r. wyraził zgodę na wyjazd, mimo że podczas panowania Jakuba I Stuarta trwały w Anglii prześladowania katolików.
W przebraniu żołnierza i pod przybranym nazwiskiem Watson Jan dostał się do Leith. Odprawiał Msze święte na terenie Renfrewshire. 4 października 1614 r., zadenuncjowany przez fałszywego katolika, po jedenastu miesiącach działalności został aresztowany w Brnie. Był poddawany torturom, bo chciano, by podał nazwisk innych katolików. Próbowano go trzykrotnie złamać, ale wytrwał. Został skazany 10 marca 1615 r. na karę śmierci przez powieszenie za zdradę stanu, za nawracanie protestantów na wiarę katolicką. Odmówił poddania się duchowej jurysdykcji króla, uznając jedynie prymat papieża. Egzekucję wykonano w dniu ogłoszenia wyroku w Glasgow, gdy św. Jana Ogilvie miał trzydzieści sześć lat. Został pochowany w zbiorowej mogile.
Beatyfikował go 22 grudnia 1929 r. papież Pius XI, a kanonizował 17 października 1976 r. papież Paweł VI.